Flóra

A Duna holtágai és lassabb – elsősorban alsó – folyásai növényi planktonban gazdagok. A gyorsabb folyószakaszokon ezek az élőlények ritkák, mivel a folyó sodrása magával ragadja őket. Több ilyen egysejtű planktont kovapáncél véd. Ezek a zöldmoszatok nyáron, lassan áramló vizekben elszaporodva zöldre festik a vizet. Az úszó planktonok mellett elsősorban a partközeli aljzaton is találni egyszerű növényi és bakteriális képződményeket: elsősorban prokariótakékmoszatot és eukarióta zöldmoszatot. A planktonok sok szerepet töltenek be, egyrészt a tápláléklánc legalsó fokán az állatoknak táplálékul szolgálnak, másrészt az ember által okozott szennyezések elbontására is kiválóan alkalmasak.

A vízben magasabb rendű növényi fajok is helyt kapnak. Elsősorban a lassabb folyásoknál és a holtágakban nagy mennyiségű hínártársulásokat találni. Ezen társulások legjellemzőbb fajai a rucaöröm, a békalencse, a tündérrózsa, a sulyom és a ritka vízidara.

A partoknál, az alsó szakaszon jellemzőek a nádasok, ahol a nád mellett gyékény is, kijjebb sás fajok találhatók. A gyorsabb folyású szakaszoknál a nád helyett egyből füzes cserjés található a folyó mellett. A távolabb található ligetben a magasabb termetű fehérfűz, fehér és fekete nyár jellemző. Végül, a kissé szárazabb, de állandó vízellátással rendelkező területeken a Dunára nagyban jellemző „galériaerdők” jönnek létre, ahol a kocsányos tölgy, a mocsártölgy, a szil- és a kőrisfa mellett több kúszónövény, így iszalag, vadszőlő és komló jellemző.

A folyótól távolabb eső holtágakban láperdő társulások jönnek létre. Itt a legjellemzőbb fa az enyves éger, az aljnövényzetben pedig mohák és harasztok jellemzők. A dunai holtágak védett növényfaja a lápi csalán. A néha vízzel elárasztott területeken továbbá efemernövények sokasága éli gyors életét. Ilyenek az apró csetkáka, az iszapkáka, az iszaprojt, a csomós palka, a barna palka, a vörös libatop, az iszapi gyopár, az erdei kányafű, a vándorveronika és különböző májmoha fajok.

Fauna

Az egyszerű állatfajok elsősorban a Duna lassú folyású, alsó szakaszán jellemzőek. Az egysejtűek mellett a legelterjedtebbek az apró rákok: az evezőlábú rák és az ágascsápú rák. A kifejezetten csendes vizeken a tavi, gyorsabb folyásoknál a folyami szivacs és a csalánozók törzsébe tartozó hidrák sűrű lakói a fenéknek. Ugyanitt nagyon elterjedt az élősködő vándorkagyló, de találni tavikagylót, festékkagylót és folyamkagylót is. A vízi szerves hulladék lebontói a szintén a fenéken lakó örvényférgek, a laposférgek és a giliszták. A különböző ízeltlábúakat a folyó lassú szakaszain lehet fellelni. Ide tartoznak a pontytetű, a vízipoloska, a tiszavirág, a dunavirág, a tegzes bolharák és különböző további rákfajok: a víziászka és a pontusi víziászka. Valaha nagy számú folyami rák is élt a Dunában, ám a „rákpestis” szinte teljes mértékben felszámolta populációjukat. A meder mélyebb részén él továbbá a rajzoscsiga, a bödöncsiga, a kavicscsiga és a pöttyös csiga, míg a part mentén találni a fülcsiga és a nagyszájú csiga faj egyedeit.

A Duna halállománya viszonylag szegény, mindössze ötvenkét dunai halfaj ismeretes. Legjellemzőbb halfajok a kecsege, a ponty, a csuka, a lesőharcsa, a rózsás márna, a dévérkeszeg, a kárász, a szivárványos ökle, a csapó sügér és a fogas süllő. Csak a Fekete-tengerbe ömlő folyókra jellemző továbbá a kősüllő, a bagolykeszeg, a tarka géb és a pajzsoshasú pikó, illetve a Duna egyedi halfajai a dunai galóca és a selymes durbincs.

A sekélyebb hínáros társulások és a holtágak gazdag állatvilággal rendelkeznek. Elsősorban a hínárosokban találkozni az árvaszúnyog, a víziskorpió és a vízipoloska fajokkal, de sok rák- és csigafaj (mocsári csiga, karcsúcsiga, tányéros csiga) is itt talál menedéket. A holtágak élővilága hasonló a hínároséhoz, de itt még kétéltűek és hüllők is szép számban honosak. A legjellemzőbb állatfajok a keringőbéka, a kacagó béka, a kecskebéka, a vízisikló, a kockás sikló és a mocsári teknős.

A Duna ártere számtalan madár- és emlősfajnak is életteret biztosít. A folyó egyik legjellemzőbb madárfaja a dankasirály, amely még a városi szakaszokon is megtalálható. Szintén minden folyószakaszon megjelennek a récefélék, a vadlibák, a kormoránok és a bíbicek. Elsősorban a Duna-delta környékén honos, de kisebb számban a középső szakaszon is látni szürkegémet, vörös gémet, bakcsót, bölömbikát, függőcinkéket, batlákat. Csak a Duna-delta lakói a rózsás pelikánok.

A holtágak, árterek legjellegzetesebb apró emlősei a vízicickány, a vízipocok, a törpe egér, de a vidra, az újabban visszaköltöztetett hód, és csehszlovák honosítás miatt a kártékony pézsmapocok is jellemző. A ragadozókat elsősorban a róka és a görény képviseli. A 19. században még jelentős aranysakál („nádifarkas”) populáció is élt a Dunánál, ám ezeket azóta kiirtották. A nagy kiterjedésű erdőkben, főleg a középső szakaszon jelentős nagyvadállomány (őz, szarvas, vaddisznó) is található, amelyet azonban a kipusztított nagyragadozók hiányában vadászattal tizedelnek.

Úszólápok

A Ráckevei Duna-ág kiemelkedő jelentőségű természeti értéke a vízfelületének elsősorban északi részén található úszólápok.

Az úszólápok legnagyobbrészt vagy teljesen tőzegképző növénytársulások által alkotott nedves élőhelyek olyan talajon, ahol az oligotróf vagy mezo-oligotróf talajvíz szintje feljebb, néha jóval feljebb van az altalaj szintjénél és a talajvízből származó tápanyag- és ásványianyag-utánpótlás csekély vagy hiányzik. Tulajdonságai alapján tehát a soligén és a topogén lápok és a szorosan vett ombrogén lápok között állnak. A nagy rendszerek legszembetűnőbb társulásai a kis- vagy közepes termetű sások, tőzegmohák és lombosmohák által alkotott ingó és úszó szőnyegek valamint az ingólápok. Megtalálhatók még itt vízi és vízparti társulások és ezeknek egyrészt a rétlápokhoz és a lápokhoz, másrészt a nedves rétekhez átvezető átmeneti társulásai; és gyakran fontos szerepet játszanak a tőzegzsombékok. A tőzeges felszín egy részén magassásos és nádas társulások, valamint fűz és éger telepednek be. Az átmeneti lápok főleg oligotróf tavakba, nagyobb lápszemekbe és a laggba betelepülő növényzetként alakulnak ki. Leginkább az Alpok és az herciniai hegyvidék északi peremvidékén és Észak-Európában fordulnak elő. Az átmeneti lápok rendszerein kívül a társulások megtalálhatók még mocsarak mélyedéseiben, síklápokon, meszes vagy savanyú rétlápok mélyedéseiben, forráslápokon, nedves fenyéreken és néhány más élőhelyen is. Jellemző fajai: Eriophorum gracile, Carex lasiocarpa, Carex chordorrhiza, Carex limosa, Scheuchzeria palustris, Hammarbya paludosa, Liparis loeselii, Calla palustris. Az átmeneti lápok rendkívül fontos refúgiumai (menedékei) sok specializálódott, veszélyeztetett állat- és növényfajnak; érdekes gerinctelenekben, többek között szitakötőkben való gazdagságuk még nagyobb, mint más lápi élőhelyeké.