A vízi növényzet tekintetében külön kell választani az RSD-t és a mellékvizeket: a főág és közvetlen környezete ugyanis Natura 2000 minősítésű terület, a csatornák viszont nem tartoznak ebbe a körbe - ellenben ott több természetvédelmi terület és nemzeti parkhoz tartozó szakasz is van. A védettség alá nem eső területeken elméletben irtható lenne a hínár, ha nem védett fajt szedünk ki, de ennek a megállapítása néha még a botanikusoknak is gondot okoz. Bármilyen védettség alá eső területen csak az idegenhonos invazív fajokat (pl. átokhínár) lehet külön engedély nélkül kiszedni. A vizeinket benépesítő növénytakaró zömmel őshonos fajokból áll. Sokan nincsenek tisztában vele, de az őshonos fajok közé tartozik a Molnár-szigeti kiságat betakaró kolokán is.

A hínár eltávolításával a benne élő apró halakat, rákokat és más élő szervezeteket is halálra ítéljük, ami még akkor is nagy veszteség, ha nem védettek. A közterületen partra tett vízi növényzet biológiai hulladék, amit a jogszabályoknak megfelelően kellene kezelni, elszállítani és megsemmisíteni.

A vízi növények túlburjánzása nagy bosszúságot okoz a horgászoknak és a vízisportok híveinek. Irtásuk parázs vitákat generál, ahogy a Molnár-szigetnél gyérített kolokán, vagy a dömsödi hínárvágás esetében is láthattuk. A szakma véleménye szerint a növények térhódítása a Duna-ág védelmi reakciója a szennyvízzel bekerülő túlzott mennyiségű nitrogén és foszfor visszaszorítása érdekében, a tavasztól őszig növekedő „biomassza” szerepe tehát kulcsfontosságú a vízminőség javítása szempontjából, még akkor is, ha a nyári melegben időnként lokális oxigénhiányos állapot okozója lehet. A hínármezőknek és a kiterjedt nádasoknak köszönhetjük, hogy az alsó szakaszára érve fürdésre alkalmassá válik az RSD vize. A horgászatot megnehezítő hínár és kolokán visszaszorításának egyetlen hatékony eszköze tehát a szennyező források megszüntetése lenne, melynek érdekében Szövetségünk is nagy erőfeszítéseket tesz.