Az RSD mellékvizei tavasszal és nyáron kapják meg a vízterület és a horgászok száma által indokolt mennyiségű halat. Évente 15-20.000 kg ponty kerül a mellékvizekbe, ezen felül többféle méretű és fajú ragadozó halat is kihelyeztünk a csatornákba. Az elmúlt évek legnagyobb harcsatelepítéseit az Északi-övcsatornán és a Duna-Tisza csatornán hajtottuk végre, több tonnás mennyiségben.

A mellékvizek azért maradnak ki az őszi nagy telepítésekből, mert a csatornák nem nyújtanak ideális feltételeket a behelyezett ponty átteleléséhez. A téli üzemvízszint – a belvizek elvezetése céljából – többnyire igen alacsony, így az időnként előforduló szennyezések nagyobb terhet jelentenek az élővilágra. Lakatlan terület lévén a kárókatona és az orvhalászat is nagy károkat okoz a mellékvizeken, noha mindkettő ellen egyre eredményesebben vesszük fel a harcot. Tavasztól őszig ezek a problémák kevésbé jellemzőek.